การตรวจสอบภายในเกิดขึ้นตั้งแต่ พ.ศ. 2505 ตามระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลังของกระทรวงการคลัง ที่กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการและผู้ว่าราชการจังหวัด ตั้งข้าราชการอย่างน้อย 1 คน เพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายใน และตามมติคณะรัฐมนตรี วันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2519 กำหนดให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่าทุกจังหวัด มีตำแหน่งอัตรากำลังเพื่อทำหน้าที่ผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการและของจังหวัด โดยมีสายบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ รวมทั้งมอบหมายให้สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (ก.พ.) กำหนดสายงานระดับตำแหน่งและกรอบอัตรากำลังของผู้ตรวจสอบภายใน ให้เหมาะสมกับแต่ละส่วนราชการและจังหวัด พร้อมทั้งมอบหมายให้กระทรวงการคลัง ทำหน้าที่ส่งเสริมและสนับสนุนด้านวิชาการแก่ผู้ตรวจสอบภายใน ซึ่งต่อมากระทรวงการคลัง ได้ออกระเบียบว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2532 โดยปรับปรุงแก้ไขฉบับล่าสุด พ.ศ. 2551 กำหนดมาตรฐาน คู่มือแนวปฏิบัติ หลักเกณฑ์เกี่ยวกับความตรวจสอบภายในของส่วนราชการและจังหวัด รวมทั้งหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายในเพื่อเป็นแนวทางในการปฏิบัติงาน
ปัจจุบันรัฐบาลได้ให้ความสำคัญเกี่ยวกับการตรวจสอบภายในอย่างมาก เนื่องจากการตรวจสอบภายในเป็นองค์ประกอบสำคัญของการบริหารจัดการที่ดี (Good Governance) ซึ่งถือเป็นยุทธศาสตร์หลักของรัฐบาลที่นำมาใช้ในการบริหารราชการแผ่นดิน
