ตามที่สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ได้มีหนังสือ ที่ นร 0503/ว105 ลงวันที่ 24 กรกฎาคม 2552 เรื่อง การกำหนดกลุ่มตรวจสอบภายใน กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร และกลุ่มงานด้านวิชาการไว้ในกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ แจ้งให้มหาวิทยาลัยฯ ทราบว่าการกำหนดกลุ่มตรวจสอบภายใน กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร และกลุ่มงานด้านวิชาการ จะสามารถกำหนดไว้ในกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการของกรมได้หรือไม่นั้น คณะกรรมการกฤษฎีกา (คณะที่ 2) เห็นว่า หากคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการเห็นว่า การกำหนดให้มีกลุ่มตรวจสอบภายในและกลุ่มพัฒนาระบบบริหาร เป็นการจัดส่วนราชการขึ้นเพื่อมีหน้าที่สนับสนุนการบริหารราชการให้มีประสิทธิภาพ โดยเป็นการปฏิบัติงานที่ต้องสอดดล้องกับนโยบายและมาตรฐานของหน่วยงานกลางอื่น ซึ่งได้แก่ สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิ นกระทรวงการคลัง หรือคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ ซึ่งภารกิจของกลุ่มงานทั้งสองกลุ่มงานไม่อาจจัดอยู่ในส่วนราชการใดในกรม และมีความจำเป็นต้องจัดตั้งเป็นส่วนราชการโดยเฉพาะเพื่อให้มีขอบเขตการปฏิบัติหน้าที่ที่ชัดเจน รวมทั้งเป็นไปตามนโยบายในการบริหารราชการที่จะให้มีส่วนราชการนี้ในทุกกรม การกำหนดกลุ่มงานทั้งสองกลุ่มงานจึงเป็นการกำหนดให้มีส่วนราชการอื่นตามมาตรา 31 วรรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดินฯ และสามารถกำหนดส่วนราชการนั้นไว้ในกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการของแต่ละกรมได้
คณะกรรมการกฤษฎีกา (คณะที่ 2) มีข้อสังเกตว่า การจัดส่วนราชการอื่นเป็นกลุ่มงานตามมาตรา 31 วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดินฯ ควรจะพิจารณาตามความจำเป็น โดยมีเหตุผลเป็นพิเศษตามภารกิจที่มีลักษณะเฉพาะของกรมบางแห่ง แต่โดยทั่วไปแล้วการจัดส่วนราชการภายในกรมควรจะกำหนดให้เป็นกองเพื่อให้ระบบการบริหารราชการมีความชัดเจนแน่นอน ซึ่งหากรูปแบบโครงสร้างการบริหารงานของกองในปัจจุบันไม่เหมาะสมกับภาระหน้าที่ของรัฐที่มีความหลากหลายก็สมควรปรับปรุงโครงสร้างการบริหารงานของกองให้มีประสิทธิภาพและสอดคล้องกับภารกิจที่มีความแตกต่างกันได้
สภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลศรีวิชัย จึงได้พิจารณาจัดตั้งสำนักงานตรวจสอบภายใน เป็นส่วนงานภายในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลศรีวิชัย ในคราวประชุมครั้งที่ ๘/๒๕๕๒ เมื่อวันที่ ๒๘ สิงหาคม ๒๕๕๒ ซึ่งที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้จัดตั้งสำนักงานตรวจสอบภายใน โดยให้มีฐานะเทียบเท่ากอง จนถึงปัจจุบัน
